El convento fue reconvertido en cuartel de Infantería y Prisiones Militares, que es lo que se puede ver en esta fotografía de 1927, y en 1961 se derribó para ampliar la Gran Vía de San Francisco, continuación de la calle de Bailén, quedando sólo la Iglesia, que es la que actualmente conocemos como San Francisco el Grande
El Convento
Fueron religiosos franciscanos los que habitaron el convento primero, que se fundó en torno a 1220 en donde se dice que Francisco de Asís había construido una chocita junto a una fuente de aguas curativas. Sus seguidores, a base de limosnas, levantaron el convento, grande edificio de diez patios y doscientas celdas, noviciado y enfermeria, refectorio, gran Capilla Mayor y varias fuentes. Los devotos a este lugar fueron familias ilustres de Madrid: Luzones, Lujanes, Vargas, Cárdenas, que se hicieron enterrar en su interior.
En 1617 la Iglesia se renovó y en 1760 la derribaron con todos los sepulcros, esculturas funerarias y su contenido.
El convento fue reconvertido en cuartel de Infantería y Prisiones Militares y en 1961 se derribó para ampliar la Gran Vía de San Francisco, continuación de la calle de Bailén, quedando sólo la Iglesia, que es la que actualmente conocemos como San Francisco el Grande, restaurada recientemente trás varias décadas de trabajos de consolidación. En el lateral izquierdo se aprecia el bocado del convento contiguo que fue demolido y en la parte trasera aún se advierten más claramente los restos.
Detalles del Plano de Pedro Teixeira de 1656 en donde aparece la Iglesia y el Convento de San Francisco con un aspecto muy distinto al actual.
Parque de la Cornisa
Precisamente en este lugar, las traseras del templo, conocido como el Parque de la Cornisa, mirador natural desde el que se divisa el Madrid del otro lado del río Manzanares, el Ayuntamiento junto con el Arzobispado planean reconvertir la zona en base a unos acuerdos de 2006. El Ayuntamiento prevé una reurbanización completa del Parque de la Cornisa, las traseras de la Ronda de Segovia y Cuesta de las Descargas, así como de la parcela del Seminario Conciliar y la parcela contigua a la Basílica de San Francisco el Grande. También se incluye la apertura de dos calles abiertas al tráfico, una que atravesaría el actual Parque de la Cornisa, y otra en las traseras de la Ronda de Segovia. Curiosamente en 1999 el Arzobispado ya intentó construir en el actual parque de las dalias, entonces el solar vacio que ocupara el viejo cuartel de Infantería y Prisiones Militares, un edificio de oficinas, que finalmente no se hizo, si bien la batalla continúa.
Los vecinos de la zona se han unido en una plataforma y denuncian el caso, que podría suponer la autorización por convenio urbanístico al Arzobispado de Madrid para que construya más de 20.000 m2 para nuevos edificios de uso propio: la nueva sede de la Curia (Casa de la Iglesia) y una biblioteca conciliar. La Iglesia justifica la edificación de toda esta superficie, alegando su renuncia a la edificación del terreno contiguo a San Francisco el Grande. La Plataforma ha elaborado un manifiesto en el que se exponen las protestas a esta actuación.
En el lateral izquierdo de la basílica se aprecia el bocado del convento contiguo que fue demolido y en la parte trasera aún se advierten más claramente los restos.

